В 1992 году окончил Московское хореографическое училище (класс Петра Пестова), в 1996 году – педагогический факультет хореографического института (ныне училище и институт объединены в Московскую государственную академию хореографии).

В 1992 году был принят в труппу Большого театра.

Начинал с кордебалетного репертуара, затем стал исполнять партии: Конферансье в «Золотом веке» Дмитрия Шостаковича (1992), Французская кукла в «Щелкунчике» (1993) и Принц Фортюне в «Спящей красавице» (1993) Петра Чайковского, Меркуцио в «Ромео и Джульетте» Сергея Прокофьева (1993).

С 1995 года исполнял главные партии в балетах «Щелкунчик», «Спящая красавица», «Лебединой озеро» и «Пиковая дама» Петра Чайковского, «Баядерка» Людвига Минкуса, «Паганини» на музыку Сергея Рахманинова, «Дочь фараона» Цезаря Пуни и др.

В 2001 году был первым исполнителем Злого Гения в «Лебедином озере» Чайковского (вторая редакция Юрия Григоровича), Германна в «Пиковой даме» (постановка Ролана Пети). Первый исполнитель в Большом театре партии Квазимодо в «Соборе Парижской Богоматери» Мориса Жарра (постановка Ролана Пети) в 2003 году, партии Тезея (Оберона) в «Сне в летнюю ночь» на музыку Феликса Мендельсона Бартольди и Дьердя Лигети (постановка Джона Ноймайера) в 2004 году.

В 2007 году он исполнил партии Конрада в «Корсаре» Адана (постановка и новая хореография Алексея Ратманского и Юрия Бурлаки), Учителя в «Уроке» Жоржа Делерю (постановка Флемминга Флиндта. В 2010 году выступил в роли Люсьена д’Эрвильи в Большом классическом па из балета «Пахита» Минкуса (постановка и новая хореографическая редакция Юрия Бурлаки).

Гастролировал во многих странах мира, выступал на сценах ведущих театров, таких как «Ла Скала» в Милане (Италия), Новый национальный театр в Токио (Япония), Театр Елисейских полей в Париже (Франция) и др.

С сентября 2004 года Николай Цискаридзе является педагогом репетитором Московской академии хореографии и ведет класс в Большом театре.

Входит в состав Совета по культуре и искусству при президенте РФ.

Артист является автором книг «Николай Цискаридзе. Мгновения» (2007) и «Полета вольное упорство» (2011).

Николай Цискаридзе был удостоен многих наград и премий. В 2001 году ему было присвоено звание Народный артист РФ. Он является лауреатом Государственной премии РФ (2001, 2003), а также премии Москвы в области литературы и искусства (2000). В 2003 году был награжден грузинским орденом Чести, в 2006 году стал кавалером французского ордена «За заслуги в искусстве и литературе».

В 1995 году Цискаридзе завоевал II премию Международного конкурса артистов балета в Осаке (Япония), в 1997 году – I премию Международного конкурса артистов балета в Москве. Он был награжден призами «Душа танца» журнала «Балет» (1995), Международной ассоциации деятелей хореографии «Benois de la Danse» (1999) и др. Артист балета является лауреатом премий «Золотая Маска» (1999, 2000, 2003), «Триумф» (2003) и др.